Para quitar ciudades que no quieres que se muestren en lo combobox de Magento es tan facil como irse a

Sistema/Configuracion

El menu de la izquierda ir a la opcion “General” y en la opcion “country options” seleccionar solo los paises que se quieren.

Ciudades en Magento

Esto se complica cuando lo que quieres es quitar solo algunas ciudades.
En este caso hay que tocar el core de Magento realizando los siguientes cambios

Copiar el fichero /app/code/core/Mage/Directory/Model/Mysql4/Region/Collection.php a la carpeta local /app/code/local/Mage/Directory/Model/Mysql4/Region/Collection.php
cambiando la siguiente linea de codigo (mas o menos la 50):

$this->_select->from(array('region'=>$this->_regionTable),
    array('region_id'=>'region_id', 'country_id'=>'country_id', 'code'=>'code', 'default_name'=>'default_name')
);

y sustituirlo por

$exclude_regions = array ('AS','AK','AA','AC','AE','AK','AM','AP','FM','GU','HI','MH','MP','PW','PR','VI','AF');
 
$this->_select->from(array('region'=>$this->_regionTable),
    array('region_id'=>'region_id', 'country_id'=>'country_id', 'code'=>'code', 'default_name'=>'default_name')
)
->where('code NOT IN (?)', $exclude_regions);

Otra solución sería borralo de la BD pero no es recomendable ni elegante